Kudo Shinichi là một thám tử trung thỉnh thoảng giúp cảnh sát phá giải các vụ án.Trong một lần khi đang điều tra, cậu bị thành viên của Tổ chức Áo đen phát hiện. Chúng cho cậu uống thử loại độc dược tổ chức vừa điều chế ra nhưng chất độc này không giết chết cậu mà khiến cơ thể cậu trở thành hình dạng một đứa trẻ. Sau đó, cậu đổi tên thành Edogawa Conan sống tại nhà thám tử Mori Kogoro.Xuyên suốt xê-ri cậu âm thầm hỗ trợ phá các vụ án bên cạnh ông Mori. Đồng thời cậu cũng phải đi học lại tiểu học, kết bạn được nhiều người và lập ra Đội thám tử nhí .Về sau một học sinh tiểu học bất đắc dĩ khác tên là Haibara Ai tiết lộ rằng cô ấy chính là người đã tạo ra thuốc teo nhỏ .Vì muốn tách khỏi băng nhóm nên bị tổ chức cho uống thuốc như Kudo. Trong một vài vụ án liên quan đến Tổ chức Áo đen, Conan đã hỗ trợ các điệp viên của FBI và CIA.